ในทางคลินิก คลื่นกระแทกหมายถึงการบำบัดด้วยคลื่นกระแทก และระดับความเจ็บปวดจะแตกต่างกันไปในแต่ละคน อย่างไรก็ตาม ยิ่งความเจ็บปวดรุนแรงมากเท่าใด ผลกระทบก็จะยิ่งดีขึ้นเท่านั้น ไม่มีความเชื่อมโยงใดๆ ระหว่างทั้งสองอย่าง
การบำบัดด้วยคลื่นกระแทกคือการกายภาพบำบัดที่รักษาโรคด้วยการใช้คลื่นกระแทกกับบริเวณที่ต้องการ พลังงานที่ใช้และบริเวณที่เลือกจะกำหนดผลการรักษาโดยตรง โดยไม่คำนึงถึงระดับความเจ็บปวดของผู้ป่วยระหว่างการผ่าตัด หากพลังงานต่ำเกินไป จะไม่สามารถรักษาให้ได้ผล และหากพลังงานสูงเกินไป อาจเกิดอาการไม่พึงประสงค์ได้
คลื่นกระแทกนอกร่างกายที่มีพลังงานต่ำและพลังงานปานกลางมักใช้ในการรักษาโรคเนื้อเยื่ออ่อนเรื้อรัง โรคกระดูกอ่อนบาดเจ็บ และกระดูกผิวเผินที่ไม่เชื่อมกัน ในขณะที่คลื่นกระแทกนอกร่างกายที่มีพลังงานสูงมักใช้ในการรักษากระดูกที่เชื่อมกันไม่สนิทในระดับลึก การรักษากระดูกหักที่ล่าช้า ภาวะเนื้อตายของหัวกระดูกต้นขา และความผิดปกติทางกระดูกอื่นๆ
โดยทั่วไป ยิ่งระดับพลังงานของคลื่นกระแทกสูงขึ้นเท่าใด ความเจ็บปวดก็จะยิ่งรุนแรงมากขึ้นเท่านั้น แต่ยิ่งระดับความเจ็บปวดสูงขึ้นเท่าใด ผลการรักษาก็จะยิ่งดีขึ้นเท่านั้น ในระหว่างขั้นตอนการรักษา แพทย์จะเลือกระดับพลังงานและวิธีการรักษาที่เหมาะสมตามสภาพเฉพาะของผู้ป่วย เพื่อให้ได้ผลการรักษาที่ดีที่สุด
หากผู้ป่วยรู้สึกปวดหรือไม่สบายอย่างเห็นได้ชัด ควรแจ้งให้แพทย์ทราบโดยเร็ว เพื่อให้แพทย์สามารถปรับแผนการรักษาหรือหยุดการรักษาได้ อาการปวดมากเกินไปอาจทำให้ร่างกายต้องทำงานหนักขึ้นและอาจส่งผลต่อประสิทธิภาพของการรักษา